turkmath.org

Türkiye'deki Matematiksel Etkinlikler


26 Aralık 2019, 15:40


Orta Doğu Teknik Üniversitesi Genel Seminer

Symmetry breaking in random passive scalar and data-driven modeling for rapid single molecule experiments

Zeliha Kılıç
Arizona State University, Türkiye

Measured scalar quantities are proxies to probe the underlying physical and biological processes of interest. In my talk we examine two problems: in the first, we explore how physical boundaries affect the evolution of passive tracers in the environment. We consider the evolution of a decaying passive scalar in the presence of a Gaussian white noise fluctuating shear flow. We establish the short, intermediate, and long time symmetry properties of the single point statistics for this random passive scalar. In the next problem, we focus on data-driven modeling for rapid single molecule dynamics. First, I will present our Bayesian approach relying on the sticky hidden Markov model (HMM) to interpret time traces provided by the ultra stable optical trap experiments for the analysis of RNA Polymerase (RNAP) transcription elongation dynamics. Next, I will elaborate more on pitfalls in HMM. HMMs are workhorses of biophysics in time series analysis. However, underlying processes evolve continuously in time. Provided that observations are not obtained at high rates, then HMMs become inappropriate in analyzing these processes. Here, we introduce Markov jump processes (MJPs) for this application and provide a comparison between MJPs and HMMs via our numerical experiments for the observation models. We find that as MJPs allow us to estimate rare transitions, they appear to learn fast transitions very well even those occurring faster than the measurement timescales. These same transitions are missed for HMMs case when the data acquisition rate is insufficiently high. These are joint work with my doctoral advisors, postdoctoral mentor and postdoctoral colleague.
Uygulamalı Matematik İngilizce
Gündüz İkeda Seminar Room

odtu 23.12.2019

Yaklaşan Seminerler Seminer Arşivi
 

İLETİŞİM

Akademik biriminizin ya da çalışma grubunuzun ülkemizde gerçekleşen etkinliklerini, ilan etmek istediğiniz burs, ödül, akademik iş imkanlarını veya konuk ettiğiniz matematikçileri basit bir veri girişi ile kolayca turkmath.org sitesinde ücretsiz duyurabilirsiniz. Sisteme giriş yapmak için gerekli bilgileri almak ya da görüş ve önerilerinizi bildirmek için iletişime geçmekten çekinmeyiniz. Katkı verenler listesi için tıklayınız.

Özkan Değer ozkandeger@gmail.com

DESTEK VERENLER

ja2019

31. Journees Arithmetiques Konferansı Organizasyon Komitesi

Web sitesinin masraflarının karşılanması ve hizmetine devam edebilmesi için siz de bağış yapmak, sponsor olmak veya reklam vermek için lütfen iletişime geçiniz.

ONLİNE ZİYARETÇİLER


©2013-2020 turkmath.org
Tüm hakları saklıdır