
Salih Zeki Bey'in başyapıtı kabul edilen Âsâr-ı Bâkiye (Kalıcı Eserler), Türk ve İslam bilim tarihi yazıcılığının modern anlamdaki başlangıcı ve en önemli köşe taşıdır. Salih Zeki bu eserinde, İslam dünyasında üretilen matematik ve astronomi çalışmalarını sadece nakilci bir anlayışla değil, eleştirel ve analitik bir yöntemle incelemiş; Batılı oryantalistlerin İslam biliminin sadece Antik Yunan bilimini taşıdığı yönündeki iddialarını çürütmeye çalışmıştır.
Âsâr-ı Bâkiye toplamda dört cilt olarak tasarlanmıştır. Birinci cilt İslam dünyasındaki trigonometrik gelişmeleri, ikinci cilt aritmetik ve cebir alanındaki katkıları, üçüncü cilt astronomi tarihini ve dördüncü cilt ise geometri çalışmalarını konu edinmiştir. Salih Zeki'nin sağlığında sadece Trigonometri ve Hesap-Cebir bölümlerini içeren ilk iki cilt (1913/Hicri 1329) yayımlanabilmiştir. Astronomi ve biyografileri içeren üçüncü ve dördüncü ciltlerin müsveddeleri yazılmış olsa da yazarın vefatı nedeniyle o dönemde basılamamış, bu eksik kısımlar ancak 2000'li yıllarda yapılan modern edisyonlarla günümüz Türkçesine kazandırılmıştır.
Âsâr-ı Bâkiye'de Nasîrüddîn-i Tûsî, Gıyâseddin Cemşîd el-Kâşî ve Kadızâde-i Rûmî gibi büyük İslam matematikçilerinin özgün katkıları, birincil kaynaklara inilerek detaylandırılmıştır. Bu titiz çalışmasıyla Salih Zeki, Türkiye'de bilim tarihi disiplininin kurucusu unvanını kazanmış ve sonraki kuşaklar için temel bir referans kaynağı oluşturmuştur. Âsâr-ı Bakiye’nin daktilo ile yazılmış ve üzerinde el yazısı ile notlar olan üç cildi elektronik olarak Türk Matematik Derneği web sitesinde bulunmaktadır.